Если вы ее не отключали защиту файлов, и если хотите получать каждый раз уведомление о срабатывании системы глобальной защиты основных файлов, то установите такой параметр типа DWORD ShowPopups равным 1 в разделе: HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\SystemFileProtection
А почитать протокол уже проделанной работы System File Protection можно в файле C:\Windows\System\Sfp\sfplog.txt. При этом "родные" файлы для замены она берет не с компакт-диска, а из папки C:\Windows\Options, в которую записывает и обновленные после посещения Windows Update библиотеки, так что файлы в ее базе всегда самые свежие и удалять эту папку не рекомендуется.